Nota fiscal da clínica de saúde: NFS-e e Receita Saúde

Resposta curta: a clínica com CNPJ emite a nota de serviço, a NFS-e, em nome da clínica. Se ela é ME ou EPP optante do Simples Nacional e presta serviço sujeito à emissão de NFS-e, a partir de 1º de novembro de 2026 a nota sai pelo Emissor Nacional. O Receita Saúde é outro documento: o manual da Receita fala do profissional que atende como pessoa física e não fala de empresa.

Quem emite e por quê

• O ISS: o imposto municipal incide sobre a prestação dos serviços da lista da LC 116/2003 (art. 1º). Hospitais, clínicas, laboratórios, ambulatórios e congêneres são o subitem 4.03 da lista. Psicologia é o 4.16, e terapia ocupacional, fisioterapia e fonoaudiologia são o 4.08.
• Onde é devido: a regra geral é o local do estabelecimento do prestador (art. 3º). As exceções do artigo não citam os subitens 4.03, 4.08 e 4.16.
• Quem emite: na versão 1.2 do Guia do Emissor, a nota no Emissor Nacional Web é emitida pelo prestador do serviço. Para o serviço que a clínica presta, o prestador é a clínica, com o CNPJ dela.
• A obrigação em si: a regra de emissão e de escrituração é do município. Confirme com o contador.

O código de serviço

A lista da LC 116 tem um subitem para a clínica (4.03) e um para cada área. No Emissor Nacional, o código de tributação nacional tem 6 dígitos:

A LC 116 e a lista do Portal da NFS-e não dizem qual código a clínica com várias áreas deve usar: o da clínica, o da área de quem atendeu ou o 4.09. Decida com o contador antes da primeira nota e use sempre o mesmo critério. Veja também o guia do código de serviço.

O que muda em 01/11/2026

A Resolução CGSN nº 191, de 4 de agosto de 2026, tornou obrigatória a emissão da NFS-e de padrão nacional pelas microempresas e empresas de pequeno porte optantes pelo Simples Nacional que prestem serviços sujeitos à emissão de NFS-e, pelo Emissor Nacional, com efeitos a partir de 1º de novembro de 2026 (Receita Federal, 14/08/2026). Isso vale para a clínica que é ME ou EPP no Simples. Para empresa fora do Simples, a resolução não trata: confirme a regra da sua prefeitura.

As regras de CBS e IBS para o Simples só passam a produzir efeito em 1º de janeiro de 2027 (mesma notícia). Veja o guia NFS-e nacional para ME e EPP.

A clínica e o Receita Saúde

• O que o manual diz: estão obrigados, desde 1º de janeiro de 2025, dentistas, fisioterapeutas, fonoaudiólogos, médicos, psicólogos e terapeutas ocupacionais, quando prestarem seus serviços na qualidade de pessoas físicas (manual v2.1, pergunta 2). O recibo é emitido no pagamento, um para cada parcela (pergunta 3), e é feito no app da Receita ou pelo Carnê-Leão Web (perguntas 7 e 19).
• O que o manual não diz: ele se apresenta como orientação para a emissão do recibo "pelos profissionais de saúde, pessoas físicas" e não fala de pessoa jurídica nem de clínica. No arquivo de lote, o campo "Recebido de" é sempre "PF" e o campo CNPJ fica sempre vazio, pois não se aplica a recibos (pergunta 24). Se o profissional atende pela clínica e também no CPF dele, ou se ele é sócio, o manual não trata do caso: pergunte ao contador.
• Nota e recibo são coisas diferentes: para o profissional pessoa física que emite nota, o manual diz que a nota comprova o serviço e o Receita Saúde comprova o pagamento (pergunta 18). Veja Receita Saúde e nota fiscal e atendo com CNPJ: Receita Saúde ou nota?.
• O paciente e o imposto de renda: quando o recibo é emitido, o paciente não precisa imprimi-lo para a declaração (pergunta 21). Quando não é emitido, ele pode informar o pagamento mesmo assim, com maior chance de a declaração cair em malha (pergunta 22).

Em nome de quem, quando paga o responsável

A nota tem um campo para o tomador, com CPF ou CNPJ, e o Emissor Nacional deixa marcar "tomador não informado". Para alguns códigos de serviço, o tomador é obrigatório, porque define o local de incidência do ISS (Guia do Emissor). A LC 116 só diz quem é o tomador para alguns serviços (art. 3º, §§ 5º a 12), e consulta ou terapia não está entre eles. Por isso, nem a LC 116 nem o Guia do Emissor respondem se a nota sai no nome de quem paga ou de quem é atendido.

O manual do Receita Saúde trata os dois como pessoas diferentes: o CPF do pagador é de quem efetuou o pagamento, e o CPF do beneficiário é de quem usou o serviço (pergunta 24). Para a clínica, o caminho seguro é guardar os dois dados na ficha, escrever no contrato quem contrata e quem paga, e combinar com o contador em nome de quem a nota sai.

O que fazer na prática

1. Confirme com o contador se a clínica é ME ou EPP do Simples e se a sua cidade exige NFS-e.
2. Defina o código de serviço da clínica e das áreas, e anote o critério.
3. Teste o Emissor Nacional antes de 1º de novembro de 2026, ou confirme que o seu sistema emite por ele.
4. Pergunte ao contador se algum profissional atende no CPF e, nesse caso, como ficam nota e Receita Saúde.
5. Guarde na ficha do paciente o CPF de quem paga e de quem é atendido.

Perguntas

A clínica precisa emitir nota fiscal?

Serviço de clínica está na lista da LC 116/2003 (subitem 4.03), e o ISS tem como fato gerador a prestação dos serviços da lista (art. 1º). A regra de emissão e de escrituração da nota é do município. Se a clínica é ME ou EPP do Simples Nacional e presta serviço sujeito à emissão de NFS-e, a partir de 01/11/2026 a nota sai pelo Emissor Nacional. Confirme com o seu contador.

A clínica com CNPJ emite Receita Saúde?

O manual do Receita Saúde diz que estão obrigados os profissionais da lista (dentistas, fisioterapeutas, fonoaudiólogos, médicos, psicólogos e terapeutas ocupacionais) quando prestarem serviços na qualidade de pessoas físicas (pergunta 2). O manual não fala de pessoa jurídica nem de clínica. Para o serviço feito e cobrado pela clínica, o manual não responde: pergunte ao contador.

Em nome de quem sai a nota quando quem paga é o pai ou a mãe?

A LC 116 e o Guia do Emissor não definem isso para consulta ou terapia. O Emissor Nacional tem um campo para o CPF ou CNPJ do tomador, e a opção de não informar o tomador, que alguns códigos de serviço não aceitam. O manual do Receita Saúde separa o CPF de quem pagou do CPF de quem usou o serviço, mas isso é do recibo, não da nota. Escreva no contrato quem contrata e quem paga e combine o tomador com o contador.

O que muda em 01/11/2026?

A Resolução CGSN 191/2026 torna obrigatória a NFS-e de padrão nacional para as ME e EPP optantes do Simples Nacional que prestem serviços sujeitos à emissão de NFS-e, pelo Emissor Nacional, a partir de 1º de novembro de 2026. As regras de CBS e IBS para o Simples só produzem efeito a partir de 1º de janeiro de 2027 (Receita Federal, 14/08/2026).

Fontes

• Lei Complementar nº 116/2003, arts. 1º e 3º e lista de serviços anexa (Planalto)
• Códigos de tributação nacional da NFS-e: lista de serviços (Portal da NFS-e, gov.br)
• Receita Federal: Simples Nacional, NFS-e nacional será obrigatória para ME e EPP a partir de 1º de novembro de 2026 (14/08/2026)
• Receita Saúde: orientações para emissão do recibo eletrônico, versão 2.1, outubro de 2025 (Receita Federal, PDF)
• Guia do Emissor Público Nacional Web da NFS-e (Portal da NFS-e, gov.br, PDF)

Fontes conferidas em 05/10/2026.