Nota fiscal de consulta: o que a clínica precisa emitir e como fazer pelo sistema

Se o consultório ou a clínica atende pelo CNPJ, o documento da consulta é a nota fiscal de serviço, a NFS-e. Ela sai no CNPJ de quem atendeu, em nome do tomador do serviço. A LC 116/2003 não define quem é o tomador na consulta particular; na prática é quem contratou e pagou, e o seu contador confirma. Na maioria das consultas, quem paga é o próprio paciente.

Quem emite o quê

A empresa emite a NFS-e. Se ela é ME ou EPP no Simples Nacional, a partir de 1º de novembro de 2026 a nota sai pelo Emissor Nacional, pelo site do governo ou por um sistema ligado a ele. (Receita Federal, 14/08/2026; veja o guia)

O Receita Saúde é outra coisa: é o recibo do profissional que atende no CPF. O manual da Receita trata só de pessoa física. Quem atende parte no CPF e parte no CNPJ precisa separar os dois com o contador. (Receita Saúde e nota fiscal: preciso dos dois?)

O que vai na nota

• o CNPJ da clínica, que é quem presta o serviço;
• o tomador: nome e CPF do paciente, ou o CNPJ da empresa que contratou o serviço;
• a descrição do serviço e o código de serviço da sua atividade;
• o valor.

O código de serviço e a alíquota dependem da atividade e da cidade. Defina os dois uma vez com o contador e use sempre os mesmos.

Quando quem paga é uma empresa

Consulta paga por empresa, e não pelo paciente, pode ter retenção de impostos na nota. A regra muda de cidade para cidade e de serviço para serviço. Antes de emitir a primeira nota para uma empresa, confirme com o seu contador o que deve ser retido.

Como o Primoia emite

O Primoia emite a NFS-e pelo Emitta, o emissor de notas da Primoia, no CNPJ da clínica. A nota está incluída no plano; não é cobrada à parte.

Hoje a nota da consulta sai quando alguém encerra o atendimento: ao fechar a sala de vídeo ou ao concluir a consulta na agenda. Os dados do paciente já estão no cadastro, então ninguém digita a nota.

Para a primeira nota sair, a clínica precisa ter, uma vez:

1. os dados fiscais da empresa preenchidos no sistema;
2. o certificado digital A1 da empresa enviado.

Se faltar um dos dois, a nota não se perde: fica pendente na fila de notas até o cadastro ficar completo.

Perguntas

Preciso emitir uma nota para cada consulta?

A nota comprova o serviço prestado. O comum é uma nota por atendimento ou por pacote pago. Se você pensa em juntar as consultas do mês numa nota só, confirme antes com o seu contador.

O paciente pagou em parcelas. Quantas notas?

O manual do Receita Saúde dá o exemplo de um tratamento de R$ 1.000 pago em 4 vezes: uma nota de R$ 1.000 ao fim do tratamento. Esse exemplo é do profissional pessoa física. Para a clínica, confirme a regra com o contador.

A clínica atende uma empresa, não o paciente. Muda alguma coisa?

Muda. Quando o tomador é pessoa jurídica, a nota pode ter retenção de impostos, conforme a cidade e o serviço. Quais e de quanto, só o seu contador responde.

O Primoia emite sem certificado digital?

Não. A nota é assinada com o certificado A1 da clínica. Sem ele, a nota da consulta fica pendente na fila até o certificado ser enviado.

Fontes

• Receita Federal: Simples Nacional, NFS-e nacional será obrigatória para ME e EPP a partir de 1º de novembro de 2026 (14/08/2026)
• Receita Saúde: orientações para emissão do recibo eletrônico, versão 2.1, outubro de 2025 (Receita Federal, PDF)

Fontes conferidas em 30/09/2026.